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《史记》分本纪、表、书、世家、列传五部分。其中本纪和列传是主体。它以历史上的帝王等政治中心人物为史书编撰的主线，各种体例分工明确，其中，“本纪”、“世家”、“列传”三部分，占全书的大部分篇幅，都是以写人物为中心来记载历史的，由此，司马迁创立了史书新体例“纪传体”。
一、本纪
“本纪”是全书提纲，以王朝的更替为体，按年月时间记述帝王的言行政绩；其中记载先秦历史的五篇，依次是五帝，夏，殷，周，秦；记载秦汉历史的七篇，依次是秦始皇，楚霸王项羽，汉高祖刘邦，高后吕雉，汉文帝刘恒，汉景帝刘启和汉武帝刘彻。
二、表
“表”用表格来简列世系、人物和史事。
三、书
“书”则记述制度发展，涉及礼乐制度、天文兵律、社会经济、河渠地理等诸方面内容。
四、世家
“世家”记述子孙世袭的王侯封国史迹和特别重要人物事迹。
五、列传
“列传”是帝王诸侯外其他各方面代表人物的生平事迹和少数民族的传记。
《史记》从传说中的黄帝开始，一直记述到汉武帝元狩元年（前122年），叙述了三千年左右的中国历史。据司马迁说，全书有本纪十二篇，表十篇，书八篇，世家三十篇，列传七十篇，共一百三十篇，约五十二万六千五百字。
班固在《汉书·司马迁传》中提到《史记》缺少十篇。三国魏张晏指出这十篇是《景帝本纪》、《武帝本纪》、《礼书》、《乐书》、《律书》、《汉兴以来将相年表》、《日者列传》、《三王世家》、《龟策列传》、《傅靳列传》。后人大多不同意张晏的说法，但《史记》残缺确凿无疑。
今本《史记》一百三十篇，有少数篇章显然不是司马迁的手笔，汉元帝、成帝时的博士褚少孙补写过《史记》，今本《史记》中“褚先生曰”就是他的补作。
